A pesar de llamarse Monasterio de San Rafael es conocido popularmente por convento de las Capuchinas. Se les conoce como Clarisas Capuchinas, orden reformada por María Lorenza, noble catalana que, afincada en Nápoles y convertida al Señor a sus 47 años.
En 1535, el papa Pablo III aprueba la Orden y en 1555 Pablo IV autoriza a que se viva bajo la Regla de Santa Clara.
La característica principal de la nueva Orden de las capuchinas será «la estrictísima observancia de la regla de santa Clara»: máxima pobreza, austeridad, estricta clausura, sencillez fraterna e intensa vida de oración.
Para lograrlo, sor María Lorenza adoptó las Constituciones de santa Coleta, completándolas y sustituyéndolas en parte con algunos puntos de las Constituciones de los capuchinos. La veneración general de que fueron objeto desde un principio fue la causa de que la nueva congregación se extendiera enseguida con nuevas fundaciones en Italia (Perusa, Gubbio, Roma, Milán…) y en el mundo.
El primer monasterio en España fue erigido en 1588 en Granada y en Córdoba.